По течению он делится на острый и затяжной.
Патологоанатомически для септического эндокардита характерным является изъязвление клапанов сердца. Микробы из крови попадают на эндокард клапанов, оседают на нем, размножаются и повреждают клапаны сердца, вызывая их изъязвление. На этих участках происходит образование рыхлых наслоений из фибрина и тромбоцитов. Частицы фибрина и тромбоцитов отрываясь и попадая в ток крови, вызывают множественные эмболии сосудов различных органов.
Наиболее частые возбудители септического эндокардита стрептококки (зеленящий, гемолитический), реже — стафилококки и другие микроорганизмы.
Для развития септического эндокардита, кроме бактериемии, необходимо наличие повреждения перикарда (ревматический процесс, врожденный порок, измененная реактивность эндокарда).