Ведущим патогенетическим звеном уже развивающейся пневмонии является дыхательная недостаточность приводящая к гипоксемии, гипоксии, гиперкапнии, и смешанному ацидозу. Гипоксемия особенно выражена при антенатальных пневмониях. Тканевая гипоксия обусловлена у новорожденных ,больных пневмонией ,не только легочными изменениями, но и гемодинамическими нарушениями. У всех больных развивается легочная гипертензия, энергетически — динамическая недостаточность миокарда с перегрузкой правого сердца, а нередко и отечный синдром. В начале пневмонии характерно сгущение крови, то через 1-2 недели у большинства новорожденных развивается анемия разной степени выраженности. Диффузность поражения легочной ткани при пневмонии, обструктивные нарушения, расстройства механики дыхания, приступы апноэ приводят к тому, что у детей развивается и гиперкапния.
Гипоксемия, гипоксия, гиперкапния приводят к изменениям функции ЦНС,возникает неврологическая симптоматика, чаще синдром угнетения.
К особенностям пневмонии у новорожденных можно отнести и большую длительность как острого периода болезни, периода репарации, реабилитации, частое развитие осложнений и критических состояний.